在不同气候型材的遗址上的红树林蟹Scylla Serrata的热应激响应的比较转录组谱
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抽象的
背景:广泛分布的红树林蟹Scylla Serrata的渔业和水产养殖是一种稳步增长,高价值,全球产业。气候变化对这个行业的风险构成了这种行业,随着温度的升高预期威胁着红树林螃蟹栖息地以及从野外的红树林螃蟹少年供应。因此,重要的是要理解如何从具有不同气候型材的地点的红树林群群的基因组和分子基础反应热应激。对此,我们在正常和热胁迫条件下在3位点(Cagayan,Bicol和Bata)中取样的S. Serrata个体的鳃组织的RNA-SEQ。为了比较转录组表达式概况,我们设计了一种包含交互术语的2因素广义线性模型,其允许我们同时分析在现场响应的响应中的热应激和跨越现场差异。
结果:我们介绍了从含有66个GBase的清洁RNA-SEQ读数的数据集获得的第一个转录组合组合。除了差价且短的折叠中,组件含有大约17,000个基因,N50长度为2,366 bp。我们的组装包含许多几乎全长的成绩单 - 5229虾和3049果蝇蛋白质的对准将其覆盖其序列长度的80%的序列。差异表达分析发现了热应激响应的群体特异性差异。对热应激反应的现场内分析分别显示了177,755和221个差异表达(De)基因在Cagayan,Bataan和Bicol基团中。横跨现场分析表明,在卡加兰和巴安坦之间,存在389个基因与48个信号传导和应激响应途径相关,其中部位在对热量的反应中存在效果;在切片扬和Bicol之间,有101个这样的基因影响了8个途径。
结论:鉴于菲律宾海洋物种的气候分析和群体遗传学的工作中,我们的研究结果表明,由于预接触到极端温度变化或群体结构,群体中热响应的变化可能导致灌注塑性。通过连接导致人群之间适应性遗传差异。
建议引用
Shrestha,A.,Lilagan,C. A. I.,Guiao,J. E. B.,Romana-Eguia,M. R. R.,&Ablan Lagman,M. C. (2021)。 在不同气候谱的场地的红树林螃蟹Scylla Serrata的热应激响应的比较转录物分析。类型
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